Ojciec Pio przybył do Foggii, kończąc tym samym pobyt w rodzinnej Pietrelcinie, 17 lutego 1916 roku. Przebywał tu do 4 września tegoż roku. Celem jego wizyty była duchowa opieka nad umierającą Raffaeliną Cerase.

Konwent kapucynów i kościół pod wezwaniem św. Anny znajduje się na peryferiach miasta, tuż obok Kościoła Krzyży (na zdjęciu obok, największy budynek w centrum to właśnie Kościół Krzyży), zwanego Górą Kalwarią, wkomponowany między niewysokie kamieniczki. Powstanie klasztoru datuje się na XX wiek, co dziwi w tych okolicach, gdzie prawie wszystkie placówki kapucyńskie pochodzą z czasów założenia zakonu.

Skromny, dwunawowy kościół św. Anny został konsekrowany 16 maja 1916 roku, a funkcję parafii zaczął pełnić dopiero w 1932 roku. W jego bocznej nawie znajdują się figury Madonny i św. Ludwika, a w nawie głównej – Ojca Pio oraz świętych: Józefa, Franciszka i Antoniego.

Ojciec Pio przybył do klasztoru w Foggii, żeby w ostatnich chwilach życia zapewnić duchową opiekę Raffaelinie Cerase, która ofiarowała swe życie, by jej duchowy powiernik mógł wrócić do sił i spełniać swoje obowiązki kapłańskie. W tym czasie Stygmatyk napisał do ojca Benedetta list, w którym przedstawił jej sytuację zdrowotną: "Ta biedna chora spoczywa już na łożu śmierci, jest niejako w przedsionku najwyższego Króla..." Po jej śmierci zaś zanotował: "Dzisiaj o czwartej nad ranem otrzymaliśmy jeszcze jedną duszę-orędowniczkę przed tronem Najwyższego. [...] Z uśmiechem i wzgardą dla świata zasnęła w Panu. Jakże ona jest szczęśliwa!"

Cela Ojca Pio znajduje się na pierwszym piętrze. Przez ekrany z pleksi oglądać można wnętrze, wyposażone w proste sprzęty: łóżko, biurko i klęcznik oraz wnękę pełniącą funkcję garderoby. Obok celi znajduje się, powstała kilkanaście lat temu, maleńka kaplica, w której ustawiono gabloty z pamiątkami po Ojcu Pio. Nieopodal – wejście na chór który wydaje się większy niż w innych klasztorach Ojca Pio.

Pobyt Ojca Pio w Foggii przedstawia się jako nieprzerwane pasmo udręczeń. Wysoka gorączka, brak apetytu, wymioty, duszności i... morderczy bój ze śmiertelnym wrogiem, który dręczył go swoimi atakami. W liście do ojca Agostina, datowanym na 25 marca 1916 roku, Ojciec Pio napisał: "Walki duchowe zamiast się zmniejszać, stają się jeszcze bardziej intensywne. Jedne ciemności zastępują drugie, a duchowa ślepota stała się mrokiem wręcz nie do przeniknięcia. Mój Boże, co będzie ze mną?..."

Co ciekawe, równocześnie z nasileniem ataków szatana wzrastała liczba duchowych dzieci Ojca Pio i osób korzystających z sakramentu pojednania.

Po 20 lipca 1916 roku do Foggii przybył gwardian klasztoru kapucynów w San Giovanni Rotondo, by głosić kazania ku czci św. Anny. Widząc udręczonego cierpieniem Ojca Pio, zaprosił go do swego klasztoru. Święty skorzystał z zaproszenia i 28 lipca 1916 roku przybył do San Giovanni Rotondo, gdzie rzeczywiście poczuł się lepiej. Po kilku dniach powrócił do Foggii, aby uzyskać zgodę prowincjała na stały pobyt w San Giovanni Rotondo. 4 września 1916 roku przeniósł się na resztę swego życia do tamtejszego klasztoru. Mieszkał tam przez kolejne 52 lata.