25 stycznia 1904 roku, wraz z towarzyszem z nowicjatu, bratem Anastasiem da Roio, i prowincjałem, ojcem Pio da Benevento, Ojciec Pio przybył do Sant’Elia a Pianisi, by rozpocząć naukę retoryki i filozofii. Ten konwent jest miejscem, w którym po San Giovanni Rotondo Ojciec Pio przebywał najdłużej, bo prawie cztery lata.

Do tego urokliwego molizańskiego miasteczka dojeżdża się stromą, krętą drogą. Wąskie uliczki, niewysokie zabudowania, a z dala widoczny duży kościół i klasztor ojców kapucynów.

Jest to konwent dwóch świętych kapucynów. Wśród obrazów zdobiących korytarze, pojawia się portret ojca Raffaele da Sant’Elia a Pianisi, który tutaj mieszkał w latach 1865-1886 i zmarł w opinii świętości 6 stycznia 1901 roku. Rozpoznać w nim można mnicha z monumentalnego pomnika sprzed kościoła.

Mimo że Ojciec Pio wstąpił do klasztoru dwa lata później, istniała między nimi szczególna duchowa więź, poświadczona przez Ojca Pio dedykacją pochwalną, napisaną przez niego w San Giovanni Rotondo 5 kwietnia 1956 roku, a przechowywaną właśnie tutaj: „O wybrana i czysta duszo ojca Raffaele, nie byłem godzien znaleźć się wśród tych, którzy Cię znali w Twym doczesnym pielgrzymowaniu, lecz dziękuję Bogu, że pozwolił mi poznać Ciebie poprzez zapach Twoich cnót. Twoje życie ujmuje moje myśli i moje serce, i zapewne miłym będzie Bogu to, że mogę nawet w minimalnym stopniu Ciebie naśladować”.

Przemierzając klasztorne korytarze dochodzi się do celi Ojca Pio, przedostatniej w długim rzędzie zakonnych pomieszczeń, wyposażonej jedynie w niezbędne i ubogie sprzęty.

To tutaj w 1905 roku miał miejsce przerażający fakt, o którym tak opowiadał Ojciec Pio: „Podczas studiów filozofii znajdowałem się w Sant’Elia a Pianisi. Pewnej letniej nocy, po odmówieniu modlitw na jutrznię, miałem otwarte okno i drzwi z powodu wielkiego upału. Usłyszałem hałasy dochodzące, jak mi się zdawało, z sąsiedniej celi. Co o tej godzinie robi brat Anastasio? – pytałem sam siebie. Myśląc, że czuwa na modlitwie, zacząłem odmawiać Różaniec święty. Hałasy stawały się coraz głośniejsze, postanowiłem więc zawołać współbrata. Tymczasem poczułem silny zapach siarki. Podszedłem do okna i zawołałem: Bracie Anastasio!, Bracie Anastasio! – jednak bez zbytniego podnoszenia głosu. Gdy nie otrzymałem odpowiedzi, cofnąłem się i zobaczyłem, że przez drzwi wchodzi olbrzymi pies, z pyska którego dobywa się gęsty dym. Padłem na wznak na łóżko i wtedy usłyszałem, jak mówi: „To on, to on”. Gdy tak leżałem, ujrzałem, jak bestia wyskakuje przez okno na dach budynku znajdującego się naprzeciw, a następnie znika”.

Kolejnym miejscem, w którym często przebywał Stygmatyk, był chór. Tu również wydarzyło się coś niezwykłego, o czym Ojciec Pio – kleryk pisał do swego duchowego przewodnika, ojca Agostina da San Marco in Lamis: „Jakiś czas temu przydarzyło mi się coś niezwykłego. Kiedy byłem na chórze wraz z bratem Anastasiem, było to około godziny 23, 18 dnia ubiegłego miesiąca (styczeń 1905 roku), znalazłem się nagle daleko, w jakimś bogatym domu, w którym umierał ojciec, a jednocześnie rodziła się córka. Ukazała mi się Matka Najświętsza, która powiedziała: „Tobie powierzam to stworzenie. Szlachetny kamień w surowym stanie. Obrób go, wygładź, uczyń błyszczącym, na ile będzie to tylko możliwe, ponieważ pewnego dnia będę chciała się nim przyozdobić...”. „Jak będzie to możliwe, skoro jestem jeszcze zwykłym klerykiem i nie wiem, czy będę miał szczęście i radość zostać kapłanem? Jak będę mógł zająć się tą dziewczynką, tak bardzo oddaloną?” Maryja dodała: „Nie wątp, ona przyjdzie do ciebie, ale najpierw spotkasz ją u św. Piotra w Rzymie”. Po tych słowach znalazłem się znów na chórze”.

Klasztorny kościół konsekrowany był w 1690 roku, nosi wezwanie św. Franciszka.  W głównym ołtarzu dominuje obraz Matki Bożej Niepokalanej. Wśród modlący się przed nim, przez kilkadziesiąt lat był wspomniany już Sługa Boży, ojciec Raffaele da Sant’Elia a Pianisi, po śmierci złożony w tutejszej krypcie. Z pewnością Ojciec Pio podczas swojej czteroletniej bytności w tym miejscu kilka razy dziennie spoglądał na wizerunek ukochanej Maryi.