Katechizm nazywa chrzest „fundamentem całego życia chrześcijańskiego, bramą życia w Duchu i bramą otwierającą dostęp do innych sakramentów”. Chrzcielnica nowego kościoła św. Ojca Pio w San Giovanni Rotondo pięknie eksponuje teologię tego sakramentu wtajemniczenia chrześcijańskiego, sama w sobie stanowiąc obrazową katechezę na jego temat.

Baptysterium nowego kościoła zostało umiejscowione na zewnątrz świątyni, po lewej stronie od głównego wejścia. Ma formę sadzawki, do której schodzi się po trzech stopniach, zanurzając się w wodzie, by następnie wyjść z niej po przeciwnej stronie, bezpośrednio w kierunku specjalnych drzwi z brązu (ozdobionych motywami obrazującymi chrzest Jezusa w Jordanie), wprowadzających neofitę do wnętrza świątyni. Dzięki temu celebracja chrztu przez swój zewnętrzny kształt od razu ukazuje wewnętrzne znaczenie sakramentu: jest on zanurzeniem w śmierci Chrystusa i udziałem w Jego zmartwychwstaniu, wprowadzającym ochrzczonego do wspólnoty Kościoła, w środowisko nowego życia i świętości. Przywraca człowiekowi utraconą przez grzech pierworodny godność dziecka Bożego, czyniąc go umiłowanym w Chrystusie synem Ojca.

Pierwsze trzy stopnie, po których zstępuje się w wody chrztu, symbolizują trzy rzeczywistości, jakich wyrzeka się człowiek przystępujący do sakramentalnego obmycia: grzech, zło i szatana. Zaś trzy stopnie pozwalające na wyjście z sadzawki są wyznaniem wiary w Boga – Ojca Wszechmogącego, w Jezusa Chrystusa – Syna Bożego, Zbawiciela człowieka oraz w Ducha Świętego, który jest duszą Kościoła.

Baptysterium wykonane jest z białego marmuru poprzecinanego żyłami w kolorze czerwonym. Nadaje to przepływającej przez sadzawkę wodzie specyficzne zabarwienie, stanowiąc piękny symbol krwi i wody, które wypłynęły z przebitego boku Chrystusa – wówczas wytrysło prawdziwe źródło chrztu i innych sakramentów.

Na ściankach sadzawki, podniesionych ok. 20 cm ponad poziom podłogi, wypisano łacińską inskrypcję: „Consepulti sumus cum Christo per baptismum in mortem ut quomodo Christus surrexit a mortuis ita et nos in novitate vitae ambulemus” (Razem z Chrystusem zostaliśmy pogrzebani przez chrzest w Jego śmierci, aby jak Chrystus powstał z martwych, tak i my byśmy postępowali w nowym życiu – są to słowa zaczerpnięte z jednego z listów Ojca Pio, a będące parafrazą wypowiedzi św. Pawła). Inskrypcja jeszcze raz podkreśla istotę tego, co dokonuje się w sakramencie chrztu i do czego przejście przez chrzest wzywa.

Woda przypływa do baptysterium ze specjalnie utworzonej „rzeki Jordan”. Tworzy ją 12 kaskad, które stanowią część prowadzącego do nowej świątyni dziedzińca. Z najniższego poziomu woda podziemnym kanałem przepływa prosto do chrzcielnicy.

Wspomniana „rzeka” może mieć jeszcze jedno znaczenie. Otóż możemy zobaczyć w niej symboliczne połączenie starej świątyni klasztornej i konwentu (skąd wypływa – jakby ze źródła) z całym kompleksem nowego kościoła. Może ono obrazować promieniowanie świętości Ojca Pio, opartej na konsekracji chrzcielnej i będącej wezwaniem do „życia w Chrystusie”. Mówią o tym słowa Stygmatyka: „Po konsekracji, jaką sprawił w nas chrzest, wszyscy żyjemy w Jezusie Chrystusie. Dlatego każda dusza chrześcijańska powinna dobrze przyswoić sobie słowa św. Apostoła Pawła: „Dla mnie żyć to Chrystus”. Ja żyję dla Jezusa, żyję dla Jego chwały; żyję, by Mu służyć i Go kochać”.