Ołtarz, miejsce sprawowania Najświętszej Ofiary, zawsze stał w centrum życia i posługi Ojca Pio, stanowiąc istotny rys jego duchowości. Miało to swój wymiar zarówno zewnętrzny (odprawiane przez Stygmatyka Msze Święte często przedłużały się do trzech, nawet pięciu godzin), jak i wewnętrzny – poprzez pragnienie złożenia siebie samego w ofierze Bogu, odnawiane i niezwykle głęboko przeżywane w czasie sprawowania Eucharystii.

Ojciec Pio bardzo mocno podkreślał fakt, że Eucharystia uobecnia ofiarę, jaką Chrystus złożył za nas na Kalwarii. Ołtarz i krzyż stanowiły dla niego jedną tajemnicę, podobnie jak jedną tajemnicą jest Wieczernik Wielkiego Czwartku, miejsce ustanowienia Najświętszej Ofiary, i wielkopiątkowa Golgota, gdzie ofiara się dopełniła. Tę jedność Ojciec Pio przeżywał nie tylko jako wiedzę intelektualną, ale nade wszystko jako prawdę przenikającą całą jego osobę. Świadczą o tym jego słowa: „Kiedy celebruję Mszę Świętą, nie stoję, ale wraz z Jezusem wiszę na krzyżu”.

Szczególnym momentem Mszy Świętej było dla Ojca Pio ofiarowanie. Wtedy to liturgia przenosi się z miejsca głoszenia słowa Bożego bezpośrednio na ołtarz. Obrzędy przygotowania chleba i wina, składanych następnie w eucharystycznym darze, były dla Stygmatyka tą chwilą, w której sposobił swe serce do ofiarowania się za wszystkich w łączności z jedyną ofiarą Chrystusa, swego Pana i Mistrza.

Nawiedzając nowy kościół Ojca Pio w San Giovanni Rotondo, możemy kontemplować ukazaną powyżej w wielkim skrócie duchowość ofiary eucharystycznej. Już w momencie wejścia do świątyni dostrzeżemy ołtarz, umiejscowiony w najważniejszym jej punkcie, w centrum prezbiterium. Bryła ołtarza spoczywa bezpośrednio pod monumentalnym krzyżem z brązu, który tworzy z nią jedną całość.

Arnaldo Pomodoro, który projektował zarówno krzyż, jak i ołtarz, wyraził tę jedność nie tylko poprzez związek miejsca, ale przede wszystkim poprzez zależność formy. Kamień ołtarzowy ma kształt klina, identycznego z tymi, z których zbudowany jest wiszący powyżej krzyż. Poprzez ukonkretnienie pochodzenia ołtarzowego gwoździa z Chrystusowego krzyża artysta zobrazował symbolikę Eucharystii jako owocu misterium męki Zbawiciela.

Podchodząc bliżej, dostrzegamy ponadto, że aspekt „wbicia się” ołtarza w ziemię został bardzo mocno podkreślony. W miejscu podstawy ołtarza znajduje się bowiem rozdarta szczelina, w której utkwił zaostrzony koniec spadającego klina. Obraz ten pokazuje dynamizm, z jakim ofiara Krzyża ­– ofiara Eucharystii ma wnikać w życie człowieka. Ma je, mówiąc obrazowo, rozedrzeć, otworzyć, spulchnić i użyźnić, by mogło wydawać dobre owoce w służbie i oddaniu się dla innych na wzór Ojca Pio, o którym jeden z uczestników sprawowanej przez niego Mszy Świętej napisał: „W wyrazie jego zalanej Łazami twarzy było coś jakby wołanie: Oto moja ofiara, Ojcze Przedwieczny, w imię Syna Twojego, którego ucieleśniam. Nieszczęścia ludzi – trwogę, jaka ich ogarnia – cierpienia, grzechy – wszystko to rzucam w Twoje ramiona, na Twoje serce”.