Ojciec Pio doskonale rozumiał znaczenie mszy świętej, dlatego nazwał ją przerażającą tajemnicą. Zapewne z tego powodu trwała ona nawet od trzech godzin. Na zarzuty, że celebruje ten sakrament zbyt długo, odpowiadał: „Pan wie, że chcę odprawiać mszę świętą tak, jak inni to czynią, ale nie zawsze potrafię. Są takie chwile, że nie mogę iść naprzód. Czuję, że upadłbym, gdybym się nie zatrzymał”.

On, który uwierzył, że „Słowo stało się Ciałem i zamieszkało między nami”, doświadczał – i to każdego dnia – żywej obecności Boga w sprawowanej przez siebie Eucharystii. Podczas niej przeżywał cierpienie, mękę i śmierć Jezusa Chrystusa.

Do spotkania z Chrystusem w Eucharystii przygotowywał się już od godziny drugiej po północy. Dwie godziny modlił się w celi zakonnej, odmawiając różaniec, a następnie przez całą godzinę rozmyślał nad Ofiarą Chrystusa. Później bardzo powoli ubierał się w szaty liturgiczne i przyklękał co chwilę, aby i te czynności uświęcić cichą modlitwą.

Kiedy nadchodził moment rozpoczęcia mszy uspokajał się, a jego kapłańską duszę wypełniała myśl o Ofierze, którą za chwilę miał złożyć in persona Christi.

Wychodząc z zakrystii, bardzo powoli i z wielkim trudem zmierzał w kierunku prezbiterium, jakby słaniał się pod jakimś ciężarem, głęboko zamyślony, prawie nieobecny. Jego twarz nosiła ślady niewysłowionego bólu, z oczu płynęły łzy, wargi drżały, jakby poruszały się w intymnej rozmowie z Chrystusem prawdziwie obecnym na ołtarzu. Ogarniało go wielkie wzruszenie, „łzy spływały mu z oczu, a ramiona wstrząsane łkaniem zdawały się uginać pod przytłaczającym ciężarem”. Był to dar łez. Ich źródłem nie było samo rozrzewnienie, lecz świadomość ogromu darów Bożych, spływających podczas każdej mszy, a także niewierność i małoduszność tych, którzy sprzeciwiali się przyjęciu Boga, raniąc Jego miłość.

Podczas Ofiarowania, przy Memento za żywych, kolejny raz wpadał w ekstazę, a następnie – po długiej chwili ciszy – wypowiadał prośby składane przez pielgrzymów i wymieniał z pamięci długą listę imion duchowych dzieci.

Najboleśniej przeżywał moment Przeistoczenia, zwłaszcza w okresie Wielkiego Postu. Ekstazy, które trwały wtedy pięć, a czasem i więcej minut, następowały jedna po drugiej. Ojciec Pio był blady, spocony i drżał. Jego wzrok był mocno utkwiony w białej Hostii, którą trzymał w dłoniach, a głos nabierał szorstkiego i przykrego brzmienia, jak gdyby stygmatyzowany kapłan był w wielkim bólu lub męce.

Z ran jego rąk wypływała krew. Stygmatyk starał się to ukryć pod długimi rękawami alby, lecz cały kościół wypełniał się niezwykłym zapachem, który wydawały stygmaty. Był to kolejny nadzwyczajny dar, jakiego mogli doświadczyć pielgrzymi obecni na sprawowanej przez Ojcem Pio Eucharystii.   

Podczas komunikowania zdarzały się liczne nadzwyczajne uzdrowienia. Dochodziło do wyrzucania złych duchów, a także nawrócenia ludzi, którzy odeszli od Kościoła lub z nim walczyli, czy też należeli do innych wspólnot chrześcijańskich.

Ojciec Pio sprawował Msze Święte w języku łacińskim, nawet po Soborze Watykańskim II, gdy wprowadzono do liturgii języki narodowe, otrzymał w tym celu specjalne pozwolenie. Podyktowane to było faktem, iż zakonnik miał prawie osiemdziesiąt lat i był prawie niewidomy.

Na podstawie artykułu Błażeja Strzechmińskiego OFMCap „Przerażająca tajemnica” w: „Głos Ojca Pio” [15/3/2002]