Z powodu licznie napływających do San Giovanni Rotondo wiernych (w 1954 roku Ojciec Pio rozpoczął odprawianie Mszy Świętych na otwartej przestrzeni przed klasztorem) w latach pięćdziesiątych XX wieku obok dawnego zakonnego kościółka wzniesiono współczesną bazylikę. Obie świątynie są dedykowane Matce Bożej Łaskawej.
Bazylika jest dziełem architekta Giuseppe Gentile. Prace budowlane przy jej wznoszeniu rozpoczęto 2 lipca 1956 roku, a już trzy lata później, 10 lipca 1956 roku, bp Paolo Carta z Foggii konsekrował nowo powstałą świątynię. Kilka dni wcześniej – 2 lipca – odbyła się uroczystość koronacji słynącego łaskami obrazu Matki Bożej Łaskawej koronami papieskimi, której dokonał kard. Federico Tedeschini.
Świątynia jest długa 57 m i 12 m szeroka, w zwieńczeniu jej frontonu, na wysokości 35 m, ustawiono mierzącą prawie 3 m marmurową figurę Niepokalanej z gwiezdną aureolą – dzieło Antonia Bassi di Trani – wyraźnie widoczną nocą w świetle reflektorów.
Wnętrze ozdobionej marmurami bazyliki kontrastuje z małym kościołem klasztornym. Taki wystrój w pełni akceptował Ojciec Pio, twierdząc, że dla ozdobienia domu Bożego nie należy żałować kosztowności.
Spośród trzech naw bazyliki, centralna wyraźnie dominuje nad pozostałymi. W jej absydzie oświetlonej 32 oknami, nad głównym ołtarzem widnieje mozaika o powierzchni 120 m kwadratowych, przedstawiająca wizerunek Matki Bożej Łaskawej. Jest ona dziełem prof. Bedininiego. Mozaiki w nawach bocznych wykonali: prof. Antonio Achilli i o. Ugolino da Belluno.
Centralne miejsce w nawie głównej zajmuje ołtarz, przy którym od 1959 roku Ojciec Pio celebrował Msze Święte. Na prawo od ołtarza głównego znajdują się organy składające się z 4860 piszczałek, poświęcone przez Ojca Pio 6 sierpnia 1966 roku.
W nawach bocznych znajduje się dziewięć ołtarzy, a w ich nastawach osiem mozaik szkoły watykańskiej i figura św. Antoniego z Dzieciątkiem. Obecnie po otwarciu grobu Ojca Pio i wystawieniu jego relikwii, lewa nawa została oddzielona od wnętrza kościoła i zaadoptowana jako fragment szlaku, którym pielgrzymi schodzą do krypty.
Ponad nawami bocznymi wznoszą się balkony wyłożone drzewem. Lewy był ulubionym miejscem modlitwy Ojca Pio.
Obecnie również ta świątynia okazała się zbyt mała dla przybywających pielgrzymów, dlatego w 1993 roku rozpoczęto przygotowania do budowy trzeciego, monumentalnego kościoła. Jego uroczyste otwarcie nastąpiło w 1 lipca 2004 roku, został on dedykowany świętemu Ojcu Pio (Chiesa San Pio).
