Świątynia klasztorna to mały, jednonawowy kościół pod wezwaniem Matki Bożej Łaskawej, zwany dawnym lub pierwotnym. Przylega bezpośrednio do konwentu. Jej budowę rozpoczęto w 1540 roku, wkrótce po osiedleniu się kapucynów w San Giovanni Rotondo. Teren pod budowę klasztoru i kościoła, wraz z ogrodem i winnicą przekazał zakonowi Orazio Antonio Landi.
Po 136 latach od rozpoczęcia budowy, 5 lipca 1676 roku, świątynię konsekrowano, nadając jej tytuł Matki Bożej Łaskawej (Santa Maria delle Grazie) – szczególnej opiekunki miasta. Jej otaczany czcią obraz, namalowany na płótnie na przełomie XIII i XIV wieku, koronowano w 1959 roku i umieszczono w głównym ołtarzu. W XIX wieku kościół popadł w ruinę, dzieląc los innych obiektów sakralnych. Wiązało się to z dwukrotną kasatą klasztoru: w 1810 roku przez Józefa Bonapartego (po siedmiu latach kapucyni wrócili do konwentu) i w 1867 roku przez księcia sabaudzkiego, Eugeniusza. W 1909 roku zakonnicy odzyskali klasztor, a siedem lat później przybył doń Ojciec Pio.
Na przestrzeni stuleci kościół był wielokrotnie przebudowywany i remontowany. Zmieniał się jego wystrój i wyposażenie. Jedną z przyczyn były liczne trzęsienia ziemi, które nawiedzały San Giovanni Rotondo.
Fronton dawnej świątyni, której budowę rozpoczęto w 1540 roku, został przebudowany w latach 1614-1629, po trzęsieniu ziemi. Wieńczy go niewielka dzwonnica, której dzwon – jak mawiał Ojciec Pio – tysiące razy zwoływał zakonników i osoby świeckie na modlitwę. Dzwon dedykowany jest Michałowi Archaniołowi i ozdobiony jego podobizną ze sceny walki z szatanem.
Powyżej okna oświetlającego „chór stygmatów”, z którego Ojciec Pio pozdrawiał niekiedy swoich duchowych przyjaciół, widnieje godło franciszkańskie – skrzyżowane ze sobą ramiona Chrystusa i św. Franciszka, pomiędzy którymi znajduje się krzyż.
W lunecie nad drzwiami wejściowymi do świątyni w przededniu dwudziestej piątej rocznicy święceń kapłańskich Ojca Pio, 9 sierpnia 1935 roku, poświęcono i umieszczono płaskorzeźbę wykonaną przez Egidia Niccolai – dar duchowych córek i synów Ojca Pio. Artysta wzorował się na wizerunku znajdującym się w kościele św. Józefa we Florencji. Płaskorzeźba przedstawia Maryję z Dzieciątkiem w otoczeniu Michała Archanioła i św. Franciszka z Asyżu. Po bokach widnieją: herb Florencji i godło franciszkańskie, a poniżej napis: Mario, Matko łaski, módl się za nami.
Nad drzwiami umieszczono łacińską inskrypcję, informującą, że świątynia została w 1629 roku dedykowana Matce Bożej Łaskawej.
W dolnej części frontonu, obok drzwi, znajdują się dwie kamienne tablice ufundowane przez mieszkańców San Giovanni Rotondo. Jedna, z 1960 roku, upamiętnia pięćdziesiątą rocznicę święceń kapłańskich Ojca Pio, druga – umieszczona sześć lat później – jego pięćdziesięcioletni pobyt w tym mieście.
Współczesny plac, pokryty ozdobnym brukiem, w niczym nie przypomina miejsca, które rozciągało się przed klasztorem, gdy w roku 1916 przybył do San Giovanni Rotondo Ojciec Pio. Z dawnych obiektów tworzących wystrój placu przed kościołem i klasztorem zachował się jedynie kamienny obelisk zwieńczony krzyżem.
Wchodzących do kościoła wita przytulne, zachęcające do modlitwy wnętrze. Na sklepieniu znajdują się malowidła przedstawiające Maryję z Dzieciątkiem, św. Franciszka z Asyżu i Michała Archanioła. Przy bocznym ołtarzu św. Franciszka Ojciec Pio celebrował w latach 1945-1959 Msze Święte. Na lewo od wejścia znajduje się konfesjonał, w którym od 1935 roku aż do śmierci spowiadał kobiety. Warto dodać, że mężczyźni, zgodnie z lokalnym zwyczajem, spowiadali się w zakrystii.
Nad głównym wejściem znajduje się chór zakonny – ulubione miejsce modlitwy Ojca Pio, w którym spędzał codziennie wiele godzin, niekiedy już od 2.30 nad ranem. To tutaj, przed cyprysowym krzyżem 20 września 1918 roku otrzymał stygmaty.
Przez 52 lata w tej świątyni Ojciec Pio spowiadał, odprawiał Eucharystię, napominał, pouczał. Często modlił się przed słynącym łaskami wizerunkiem Matki Bożej, przez jej wstawiennictwo polecając Bogu swe cierpienia oraz dziękczynienia i prośby innych.
Nawiedzając stary kościółek klasztorny Matki Bożej Łaskawej można zyskać na zwykłych warunkach odpust zupełny.
