Bracia Kapucyni przybyli do San Giovanni Rotondo w 1540 roku. Klasztor na wzgórzu Gargano jest więc jednym z pierwszych miejsc obecności powstałego w XVI wieku jako reforma franciszkańska zakonu. Klasztor musiał zostać zamknięty w 1811 roku, następnie po różnych perturbacjach został definitywnie otwarty w 1909 roku. Do października 1932 mieściło się tutaj seminarium serafickie.
Ojciec Pio przybył do klasztoru w San Giovanni Rotondo w 1916 roku i mieszkał w nim do swej śmierci 23 września 1968 roku. Klasztor jest nieprzerwanie zamieszkany przez braci, a każdy jego zakątek przypomina o jego niezwykłym mieszkańcu. W niezliczonych miejscach możemy znaleźć niewielkie tabliczki z napisem "Posto, dove sostava Padre Pio" - miejsce, w którym przebywał Ojciec Pio.
Pielgrzymi mogą zwiedzić fragment klasztoru, przejść klasztornym korytarzem, dotknąć tajemnicy ukrytego za klauzurą życia świętego Stygmatyka. Dla zwiedzających udostępniono niektóre z pomieszczeń w sposób szczególny związanych z Ojcem Pio, jak celę nr 1, chór zakonny, celę operacji, aulę dawnego seminarium serafickiego czy salę św. Franciszka. Poza trasą wyznaczoną dla pielgrzymów pozostały jednak inne kluczowe miejsca, jak cela nr 5, kaplica "Sacellum", refektarz. Zwiedzając klasztor można zobaczyć wiele cennych pamiątek po świętym Zakonniku. Szczególnym miejscem ich ekspozycji jest tzw. muzeum ostatniej Mszy Świętej Ojca Pio, w którym m.in zgromadzono liczne eksponaty upamiętniające ostatnią sprawowaną przez Stygmatyka Eucharystię 22 września 1968 roku.
